1、外观不同：三斑海马的体侧背方第1、4、7节各有一个大黑斑，因此得名，普通海马没有斑点。

2、分布区域不同：三斑海马分布在东印度洋、西太平洋的大部分地区，普通海马分布在大西洋、欧洲、太平洋、澳大利亚。

3、体型不同：三斑海马的体型较大，普通海马的体型比较小。